Con una planificación medieval estructurada en tres calles longitudinales y un cantón que las unifica —Guenkalea, Erdikokalea y Kaleokerra— y una calle travesera —Zeharkalea—, la villa estaba circundada por una muralla en la que se abrían tres puertas: la de Orueta, la de Irureta y la de Suso o Goiko.
La muralla era el elemento que marcaba la diferencia entre la villa y la anteiglesia: la primera, de carácter urbano, con una población concentrada, y la segunda, de carácter rural, con una población diseminada. La mencionada muralla fue desapareciendo por la presión demográfica, de manera que la villa fue creciendo en la dirección de sus barrios extremos —los arrabales—. En cada puerta surgiría un arrabal: el de Abesua en la puerta de Irureta; el de Artibai en la de Orueta; y el de Arriba o Goiko (Suso), hoy Karmengo Kalea, que comenzaba en la puerta del mismo nombre.
Los solares que configuran la villa han conocido transformaciones en sus dimensiones y en su distribución interna, por lo que la mayoría de los edificios ha perdido la imagen medieval. Sin embargo, la villa conserva muy bien, a pesar de los cambios efectuados en los períodos moderno y contemporáneo, el trazado de sus calles.
El Casco Histórico fue calificado en 1996 como Bien Cultural con la categoría de Conjunto Monumental y se fijó su régimen de protección. En el año 2000 se calificó, asimismo, como Bien Cultural con la categoría de Conjunto Monumental el Camino de Santiago, y en él se incluyó el Casco Histórico de Markina-Xemein. Recordemos que la ruta costera del Camino de Santiago remonta hasta Mendaro (Gipuzkoa) y penetra en Markina por el alto de Arnoate. Bajando Arnoate, el Camino entra en la comarca de Lea- Artibai por Markina y, siguiendo la ribera del río Artibai, los peregrinos alcanzan Ziortza-Bolibar.
