El término municipal de Markina-Xemein engloba dos entidades de población: la villa de Markina y la anteiglesia de Xemein. Desde el año 1969 quedaba incluido en el mismo término municipal la anteiglesia de Zenarruza con su puebla de Bolibar, anteiglesia que obtuvo la desanexión de Markina-Xemein el día 1 de enero de 2.005.
Los testimonios más antiguos del municipio pertenecen al Paleolítico y Eneolítico-Bronce, abriéndose tras estas etapas un silencio que durará hasta el siglo X, momento en el que surge el pequeño núcleo religioso de Iturreta.
En el siglo XIV, año 1.355, el Infante Don Tello, Señor de Vizcaya e hijo de Alfonso XI de Castilla fundó la Villa de Villaviciosa de Marquina, villa que debió su nombre a ser marca o frontera con Gipuzkoa. Fue fundada a petición de los vecinos de la Merindad para defenderse de las agresiones de las poderosas familias guipuzcoanas. A ella acudirían a acogerse numerosos hidalgos rurales temerosos de las incursiones armadas de los banderizos.
Tras la fundación de la villa no faltaron pleitos y controversias con las anteiglesias vecinas de Xemein y Etxebarria, pleitos ocasionados por motivos jurisdiccionales que finalizaron en el siglo XVII.
En el siglo XVIII se produjo un levantamiento en el que los vecinos solicitaban la bajada del precio de cereal. En la misma centuria, con motivo de la Guerra de la Convención (1793-1795) la población estuvo constantemente organizada.
La invasión napoleónica y las guerras carlistas marcarán la historia del siglo XIX, constituyéndose Markina en encrucijada de los ejércitos combatientes y, aunque no fue escenario bélico, sí que el municipio hubo de estar organizado y sufragar los gastos que suponía el abastecimiento de las tropas. La villa fue también testigo de continuos bombardeos durante la guerra civil, en 1.937.
