Le territoire municipal de Markina-Xemein regroupe deux unités urbaines distinctes: la ville de Markina et l’anteiglesia (bourg) de Xemein. Depuis 1969 était également incluse dans ce même territoire l’anteiglesia de Zenarruza avec le village de Bolibar, anteiglesia qui obtint la désannexion de Markina-Xemein le 1er janvier 2005.
Les premiers signes de l’existence de la commune remontent au Paléolithique, à l’Énéolithique et à l’âge de Bronze, phases qui précèdent une période de silence qui dure jusqu’au Xe siècle, au moment ou apparaît la petite communauté religieuse d’Iturreta.
Au XIVe siècle, en 1355, l’Infant Don Tello, Seigneur de Biscaye et fils d’Alfonso XI de Castille, fonde la Villa de Villaviciosa de Marquina, ville qui doit son nom au fait d’être une marca (marche/frontière) avec le Guipuzkoa. Cette fondation fait suite à une demande des habitants de la région désireux de se défendre des aggressions des puissantes familles du Guipuzkoa. De nombreux membres de la petite noblesse rurale vinrent se réfugier à la villa par crainte des incursions armées des différentes factions.
La période qui suit la fondation de la ville est marquée par de nombreux litiges et controverses avec les anteiglesias voisines de Xemein et Etxebarria, litiges de caractère juridictionnel qui ne prennent fin qu’au XVIIe siècle.
Au XVIIIe siècle se produit un soulèvement de la population qui réclame une baisse du prix des céréales. À la même époque, la Guerre de la Convention (1793-1795) oblige la population à s’organiser en permanence.
L’histoire du XIXe siècle est marquée par l’invasion napoléonienne et les guerres carlistes: Même si elle n’est pas une zone de conflit, Markina, coincée entre les armées combattantes, doit s’organiser et couvrir les dépenses d’approvisionnement des troupes. La ville est également victime de bombardements incessants durant la guerre civile, en 1937.
